正応３年（１２９０）１０月、宗祖日蓮大聖人の法嫡・第２祖白蓮阿闍梨日興上人によって開創されました。寺号の大石寺は、大石ヶ原の地名に由来します。また開基檀那は、当地・富士上野郷の地頭であった南条七郎次郎時光です。
日興上人は弘安５年（１２８２）、大聖人から一切の付嘱を受けられ、大聖人の入滅後、身延山久遠寺の 別当職（住職）に就かれました。
しかしその数年後、身延の地頭である波木井実長が、民部阿闍梨日向のそそのかしもあって、徐々に謗法をおかすようになりました。師である日興上人は、再三にわたりこれを諫め諭しましたが、波木井実長はまったく謗法を改めようとしませんでした。
そのため日興上人は、かねてより大聖人の「地頭の不法ならん時は我も住むまじ」との御遺言によって、遂に意を決し、宗旨の根本である本門戒壇の大御本尊をはじめ、大聖人の御灰骨など、一切の重宝を捧持して、正応２年（１２８９）の春、身延の山を離れました。そして大聖人以来の強信者である南条時光の請いに応じて富士へと移り、翌正応３年（１２９０）には大石寺を建立して、本門戒壇の大御本尊を安置し奉り、また多くの弟子達を養成して、宗門万代の基礎を築きました。
爾来、日興上人より第３祖日目上人へ、日目上人より第４世日道上人へと一器の水を一器に瀉ぐがごとく血脈相承し、法燈連綿として御当代・第６８世日如上人に及んでいます。
日蓮正宗総本山大石寺こそ唯一、宗祖日蓮大聖人の教えを正しく今日に伝え、世界の民衆を真に救済する根本道場なのです。